Het koor profileert zich in zijn repertoire in oude meesters maar ook in hedendaags repertoire, waarbij er een speciale plek is voor componisten uit eigen land. Zo vertolkten de zangers werk van Sweelinck en Lassus, maar ook speciaal voor hen geschreven composities van onder anderen Peter Schat, Klaas de Vries en Peter-Jan Wagemans.

Naast een groot aantal eigen concerten werkte Cappella Amsterdam samen met veel orkesten en gespecialiseerde ensembles zoals het Nieuw Ensemble, het Ensemble Intercontemporain, het Orkest van de Achttiende Eeuw en het Koninklijk Concertgebouworkest. In de loop der jaren heeft het koor een groot aantal cd’s uitgebracht. Recentelijk namen ze werk op van Lang en een cd met composities van de hedendaagse Rihm en de 16e-eeuwse De Wert met als titel In Umbra Mortis. ‘Sodeju, wat hebben Cappella Amsterdam en haar dirigent Daniel Reuss een parel van een cd gemaakt’, aldus Het Parool over deze opname.