In de jaren daarna was hij chef-dirigent van onder meer het Orchestre national des Pays de la Loire en het Beethoven Orchester Bonn. Met dit orkest voerde hij, voor het eerst sinds 1806, de oerversie van Beethovens opera Fidelio uit, die ook op cd verscheen. Momenteel is hij chef-dirigent van het Symfonieorkest van Aarhus en het Real Orquesta Sinfónica de Sevilla. In Nederland maakte hij naam als chef-dirigent van Het Brabants Orkest (tegenwoordig Philharmonie zuidnederland) waaraan hij van 1996 tot 2006 verbonden was. Als gast stond hij voor het orkesten als de Bamberger Symphoniker, het Filharmonisch Orkest van Oslo en het Rotterdams Philharmonisch Orkest.

Ook in het operatheater is Marc Soustrot een graag geziene dirigent. Zo leidde hij voorstellingen bij de Staatsoper Stuttgart, de Koninklijke Zweedse Opera en het Teatro Real in Madrid. Van zijn vele cd’s is de opname van de onbekende opera Le Chevalier et la Damoiselle van Philippe Gaubert vermeldenswaard. In 2008 werd Marc Soustrot door de Franse staat benoemd tot Chevalier de la Legion d'honneur.